얼음이 녹는 절체절명의 위기를 이겨낸 이후, 빙하기 공식 커플 매니와 엘리는 곧 태어날 2세 맞이에 바쁘고, 야생의 카리스마를 잃어버린 디에고는 호랑이의 자존심을 회복하기 위해 홀로 여행할 계획을 짠다. 그런 친구들의 모습에 소외감을 느낀 시드는 자신도 가족을 갖겠단 욕심에 공룡 알을 훔치고 만다. 하지만 곧 맘마 다이노에게 발각된 시드는 그녀의 분노를 사고 결국 지하 공룡세계로 끌려간다. 시드를 찾아나선 매니와 디에고는 거대한 공룡들의 위협이 도사리는 그곳에서 애꾸눈 족제비 벅을 만나 상상할 수 없었던 모험의 세계로 빠져들어간다.
한편, 도토리를 쫓아 지하 공룡세계까지 도착한 스크랫에게는 팜므파탈형 섹시 미녀 스크래티의 달콤한 함정이 기다리고 있는데…